実務上社員扱いする場合には源泉徴収義務が生じ、消費税は課税取引にならないが、外注の場合には、消費税も課税取引になる。 このような場合において社員と外注の境目の判断が難しくなるが、どのように考えればよいか?

契約形態により異なりますが、実態としてはいくつかのポイントが生じます。
給与認定されないためのケースを書いていきます。
1.タイムカードがないこと。
2.請求書が発行されている。
3.あくまで請負契約なので、支払の基準は(仕事の請負内容で、時間ではない)契約に基づく。
4.社会保険などない